Los años 1960 y 1970 están marcados por un cuestionamiento de los referentes morales, sociales y religiosos. Los valores propuestos están marcados por el individualismo, una voluntad de libertad y un intento de liberación de los marcos sociales tradicionales. Es en este momento que la Iglesia Católica decide convocar el Concilio Vaticano II (1962-1965): un encuentro de todos los obispos del mundo entero para reflexionar y hacer propuestas respondiendo a las cuestiones del mundo contemporáneo.

En este período aparecieron nuevas iniciativas comunitarias en la Iglesia Católica. Surgieron varios movimientos y comunidades. Algunos inventaron formas inesperadas de vida cristiana, santidad y misión. Estos movimientos son, en gran parte, compuestos y animados por laicos (personas casadas o solteras) y no ya solamente por sacerdotes o religiosos, como era tradicional hasta entonces. En 1967 surge una gran corriente espiritual, la Renovación Carismática, que suscitará a su vez el nacimiento de un gran número de comunidades. Una de ellas es la del Emmanuel.

En diciembre de 1971, el laico francés Pierre Goursat oye hablar de la Renovación Carismática nacida poco antes en los Estados Unidos, a través de un padre Trinitario de Canadá, el P. Regimbald. Hizo participar de su entusiasmo a varios amigos. Así, el 11 de febrero de 1972, cuarenta personas se reunieron para escuchar el testimonio de personas que habían tenido la experiencia carismática. La mayor parte pidieron la gracia de la Efusión del Espíritu Santo. De esta experiencia nace un deseo de leer la Palabra de Dios, celebrar los sacramentos, cambiar de vida y anunciar el Evangelio.

Entre los que asistieron a esta reunión estaban Pierre Goursat, que contaba entonces con 57 años, y una joven interna de medicina, Martine Laffitte (hoy día Martine Catta, por su matrimonio). A partir de esta velada ellos se reconocieron mutuamente como hermano y hermana, llamados a iniciar "algo", sin saber qué podía llegar a ser. Había nacido el Emmanuel, aunque todavía no con este nombre. Comenzaron a orar juntos todos los días. Más tarde invitaron a algunas personas a orar con ellos, en París, en la gracia de la Renovación. Al comenzar fueron 5 personas. Al cabo de un año ya eran 500.

Ante el crecido número, el grupo de oración inicial fue dividido en varios grupos en que, cada uno llegó pronto a tener el mismo número de personas que en el inicial. Esto dio lugar a 4 grandes “asambleas de oración”. En estas asambleas de oración muchas personas manifestaron haber transformado sus vidas. Algunas personas expresaron asimismo el deseo de ir más lejos en su compromiso. Dichas personas, empezaron a encontrarse regularmente en actividades que iban más allá del grupo de oración. Pierre y Martine, tras invocar al Espíritu Santo, escogieron el nombre de «Emmanuel» (Dios con nosotros) para guardar la unidad y designar esta comunidad naciente.

Además del grupo de oración, en 1974 comienza, en Gentilly (cerca de París), una pequeña fraternidad de vida residencial con tres personas, entre ellos Pierre Goursat. Esto será el comienzo de la “Fraternidad de Jesús”.

En septiembre de 1976, un retiro de tres semanas reúne a cuarenta personas. Casi todos quieren unirse a la vida comunitaria que ya ha comenzado. Poco a poco, la comunidad del Emmanuel comienza a organizarse y estructurarse en torno a la vida comunitaria, con las fraternidades de compartir, los encuentros de fines de semana y el acompañamiento personal y las actividades fundamentales de la Comunidad: adoración, compasión (servicio social) y evangelización.

Al mismo tiempo, la Comunidad del Emmanuel descubre el santuario de Paray Le-Monial, antiguo centro de difusión de la veneración al Sagrado Corazón de Jesús. Varios encuentros de la comunidad tienen lugar allí, desde este momento, cada año. Pierre tiene en el pensamiento la idea de hacer accesible, de nuevo, para las multitudes, el sentido del amor de Dios para los hombres, a través de la Renovación Carismática, la efusión del Espíritu Santo, que mana del Corazón abierto de Jesús en la Cruz, encontrando su lugar en la continuación de la tradición del antiguo santuario.

La alabanza, la adoración eucarística, la liturgia alegre y participativa van a atraer de nuevo a las gentes a Paray.

Aunque la comunidad está abierta a la diversidad de clases sociales y estados de vida, se suscita, de una forma particular, las vocaciones al sacerdocio y a la vida consagrada. El primer sacerdote fue ordenado en 1980; los cuatro siguientes en 1984. En 2008 el Emmanuel contaba con 8000 miembros, 223 sacerdotes, 100 seminaristas, 195 hermanos laicos viviendo la vida consagrada en el celibato (170 mujeres y 25 hombres).

El Emmanuel es, igualmente, una especie de laboratorio de evangelización, suscitando numerosas iniciativas a fin de tocar a las personas en donde estén y como se encuentren. La Comunidad está recorrida toda ella por un dinamismo inventivo acompañado por una gran alegría. “El Emmanuel, es la evangelización con gozo”, dijo un día el entonces cardenal Joseph Ratzinger, hoy Papa Benedicto XVI.

La Iglesia Católica acogió y reconoció pronto a la comunidad. Primeramente en el plano diocesano (Nanterre 1980, Paris, 1982); después sobre el plano de la Iglesia universal, en 1992 como asociación privada de fieles, y en 2009 como asociación pública de fieles. Al Emmanuel se le ha confiado un cierto número de misiones, en particular la pastoral de parroquias.

La comunidad está en relación constante con el Pontificio Consejo para los Laicos, en Roma, del cual depende canónicamente.